La lunga storia delle Misericordie inizia in Toscana. Fu proprio a Firenze, infatti, che nel 1244 venne fondata la prima Confraternita (Compagnia di Santa Maria della Misericordia). In seguito questa tipologia di associazioni, sorte sovente in concomitanza di epidemie, carestie, calamità naturali (ma anche a sostegno contro il diffondersi delle eresie con lo scopo di richiamare gli uomini verso la verità del Vangelo) iniziò ad espandersi su tutto il territorio “nazionale”. All’inizio del XVII secolo, a seguito dei molteplici mutamenti dovuti al riassetto interno alla Chiesa cattolica dopo il Concilio di Trento e ad una rinnovata spiritualità, testimoniata dal sorgere di nuovi ordini religiosi, si assistette alla rinascita ed al diffondersi di nuove associazioni laicali, molte delle quali aventi un marcato scopo assistenziale.
In tale contesto, si ha notizia nel 1635 della presenza ad Empoli della “Compagnia della Buona Morte” dalla quale trae origine l’attuale Venerabile Arciconfraternita della Misericordia. La Compagnia era sorta a seguito dell’epidemia di peste che aveva colpito la zona nel 1631 ed aveva sede nella Collegiata di Sant’Andrea, presso il corridoio che dal Battistero conduce in Chiesa e che solo nel 1671 venne trasferita nella Collegiata.

Dopo il difficile periodo napoleonico che decretò la soppressione delle compagnie religiose, tra il 1814 ed il 1818 si convenne di ridare vita alla “Santa Società” che in poco tempo raggiunse i 250 iscritti. Furono riproposti ed approvati i capitoli dell’associazione ed a capo vi fu posto un sacerdote o Correttore, compito assolto dal Proposto pro tempore della Collegiata di Sant’Andrea o da altri da lui delegato; a questi fu affiancato un Governatore, eletto annualmente, avente lo specifico incarico di “osservare che le cose da farsi, sì per lo Spirituale e Temporale, siano con ordine e vantaggio della Compagnia medesima”. Un Camerlingo invece divenne “il depositario di quelle oblazioni o elemosine che verranno fatte” mentre ai cinque “festaioli” eletti (sorta di consiglieri), sempre annualmente, spettò “non solo presiedere alle funzioni da farsi, ma ancora sieno come aiuti e cooperatori al Correttore e al Governatore in quelle cose che riguardano il bene della Compagnia”.
Nel corso della prima adunanza ufficiale, avvenuta la terza domenica di Quaresima dell’anno 1818, fu resa pubblica la veste che gli iscritti erano tenuti ad indossare.

Nel 1841 i confratelli della Compagnia della Buona Morte deliberarono di trasformare quest’ultima in Compagnia della Misericordia sull’esempio di quanto attuato dalla Misericordia di Firenze ispirandosi alla medesima struttura organizzativa.
L’Arciconfraternita della Misericordia di Empoli, come gran parte degli enti di sanità, nell’anno 1890 diventò IPAB (Istituzioni Pubbliche di Assistenza e Beneficenza) a seguito della cosiddetta “legge Crispi” ed è rimasta Istituzione Pubblica fino al 1992, anno in cui assunse nuovamente la personalità giuridica di diritto privato. Nel 1993 venne approvato il nuovo statuto che subì modifiche ulteriori nel 2005 e nel 2010.
Attualmente in Italia, sotto la Confederazione Nazionale delle Misericordie, sono riunite oltre 700 confraternite alle quali aderiscono circa 670 mila iscritti e 100 mila confratelli attivi.